Ngay sau khi ra công chiếu trước đông đảo công chúng, Mùi đu đủ xanh đã nhận được nhiều phản hồi tích cực từ giới phê bình điện ảnh. Nhà phê bình Hal Hinson từ nhật báo The Washington Post ca ngợi, "Trong 'Mùi đu đủ xanh', sự tế nhị và khúc bi thương của nhà làm phim người Việt Nam Trần Anh Hùng là dành cho đất nước khai sinh đã mất của anh, thời gian được đếm không phải trong phút hay giờ mà là trong những tiêu chuẩn con người - nhịp tim và những lời khẩn cầu bị bóp nghẹt."[10] Giống như Hal, Janet Maslin của tờ The New York Times cũng dành những lời khen ngợi cho bộ phim, "'Mùi đu đủ xanh' là một bộ phim đẹp thanh bình của Trần Anh Hùng về đất nước Việt Nam đã mất, một nơi có trật tự yên bình khi chưa bị chiến tranh tàn phá... 'Mùi đu đủ xanh' đánh dấu màn ra mắt hoa mỹ, cái nhìn say đắm cho đạo diễn Hùng; phim của anh thường rất yên lặng đầy tính liên tưởng rằng nó chỉ cần lời đối thoại là vừa đủ."[11] Nhà phê bình Roger Ebert từng đoạt giải Pulitzer chấm phim 5/5 sao, gọi đây là "một bộ phim đầy sự điềm tĩnh và chan chứa ngọt ngào, xem nó giống như đang nghe nhạc êm dịu vậy...; Đây là một bộ phim điềm tĩnh, nội tâm, trầm lặng - không có tình tiết chèo lái nhưng tập trung vào sự phát triển của cô gái trẻ."[12]

Thống kê từ trang web phê bình điện ảnh Rotten Tomatoes cho thấy Mùi đu đủ xanh đạt số điểm cao tới 82%.[13] Phim cũng được hội những người yêu phim chấm 7,4/10 điểm tại trang web điện ảnh Imdb.[14]